Il Papa ha chiuso la porta santa alle 9.41. Prima ha recitato la preghiera di ringraziamento per l'Anno Santo: «Si chiude questa porta santa, ma non si chiude la porta della tua clemenza», è stata la formula prevista dal rito. Poi Leone si è avvicinato alla porta santa, si è inginocchiato e, dopo un momento di preghiera silenziosa, ha chiuso i due grandi battenti di bronzo.La muratura vera e propria della porta avverrà successivamente, in forma privata, tra circa dieci giorni, con un rito diretto dall'Ufficio delle Celebrazioni liturgiche.
«Il Giubileo è venuto a ricordarci che si può ricominciare, anzi che siamo ancora agli inizi, che il Signore vuole crescere fra di noi, vuol'essere il Dio-con-noi». Lo ha detto il Papa nell'omelia della messa dell'Epifania a conclusione del Giubileo. «Sì, Dio mette in questione l'ordine esistente: ha sogni che ispira anche oggi ai suoi profeti; è determinato a riscattarci da antiche e nuove schiavitù; coinvolge giovani e anziani, poveri e ricchi, uomini e donne, santi e peccatori nelle sue opere di misericordia, nelle meraviglie della sua giustizia. Non fa rumore, ma il suo Regno germoglia già ovunque nel mondo».
«La porta santa di questa basilica, che, ultima, oggi è stata chiusa, ha conosciuto il flusso di innumerevoli uomini e donne, pellegrini di speranza, in cammino verso la Città dalle porte sempre aperte, la Gerusalemme nuova. Chi erano e che cosa li muoveva? Ci interroga con particolare serietà - ha sottolineato il Pontefice -, al termine dell'Anno giubilare, la ricerca spirituale dei nostri contemporanei, molto più ricca di quanto forse possiamo comprendere. Milioni di loro hanno varcato la soglia della Chiesa. Che cosa hanno trovato? Quali cuori, quale attenzione, quale corrispondenza? Sì, i Magi esistono ancora. Sono persone che accettano la sfida di rischiare ciascuno il proprio viaggio, che in un mondo travagliato come il nostro, per molti aspetti respingente e pericoloso, sentono l'esigenza di andare, di cercare».
Il Papa ha poi chiesto, nell'omelia della messa per l'Epifania: «Attorno a noi, un'economia distorta prova a trarre da tutto profitto. Lo vediamo: il mercato trasforma in affari anche la sete umana di cercare, di viaggiare, di ricominciare. Chiediamoci: ci ha educato il Giubileo a fuggire quel tipo di efficienza che riduce ogni cosa a prodotto e l'essere umano a consumatore? Dopo quest'anno, saremo più capaci di riconoscere nel visitatore un pellegrino, nello sconosciuto un cercatore, nel lontano un vicino, nel diverso un compagno di viaggio?»

